La cathédrale de Saint-Malo comportait un orgue de chœur dès le début du XVIIIe siècle. Ce premier instrument a été remplacé par un orgue de Cavaillé-Coll, installé en 1846 à l’occasion du réaménagement du chœur en style néogothique. Cet instrument est resté dans la cathédrale jusqu’en 1980, date de l’inauguration du grand orgue : il a alors été vendu à la paroisse de Tinténiac où il se trouve encore aujourd’hui.
La construction d’un orgue de chœur était devenue nécessaire, la fonction d’accompagnement de l’assemblée, ainsi que de soliste, étant dévolue au grand-orgue, suivant la tradition française, lui-même étant trop éloigné par rapport au chœur ; elle a été rendue possible grâce au legs d’une paroissienne Mme Simonne Faisant-Heurtaud décédée en 1999.
La Manufacture KOENIG a été invitée par les autorités diocésaines et paroissiales, en plein accord avec les musiciens du culte, à concevoir et réaliser ce projet qui allait compléter le grand-orgue construit en 1980.
La composition des jeux est assez typique des orgues de chœur construits en France depuis la seconde moitié du XIXème siècle, et correspond aux exigences du répertoire religieux que le nouvel orgue est destiné à accompagner.
Pour autant, cet orgue n’a pas été uniquement conçu comme un instrument romantique puisqu’il devait pouvoir répondre au grand-orgue.
L’instrument, placé dans la 1ère ogive Nord du chœur du XIIIème siècle, présente un buffet en chêne réalisé dans le style des orgues français du XVIIIème siècle, conçu pour s’harmoniser au mieux avec le mobilier en place dans l’édifice (stalles, chaire…).
La tourelle centrale devait être suffisamment large pour y loger la boîte expressive du Récit : il a donc été fait le choix d’une tourelle trilobée (quelque peu inspirée du Positif de Sainte-Croix de BORDEAUX) pour allier l’élégance aux impératifs techniques.